Estonica-samlingen innehåller en del av den estniskspråkiga litteratur som har erhållits som friexemplar och som har tryckts i Kejsardömet Ryssland åren 1828–1917. I samlingen placerades sådan estniskspråkig litteratur som en gång i tiden inte ansågs vara viktig för forskningen vid Helsingfors universitet. Den litteratur som ansågs vara viktig katalogiserades och placerades i bibliotekets humanistiska samling.
Till samlingen hör estniska ABC-böcker och läseböcker, almanackor och kalendrar, andlig litteratur, skönlitteratur, sångböcker och olika handböcker, sammanlagt cirka 6 000 volymer, samt 100 årgångar av tidskrifter. Samlingen är systematiskt ordnad.
I samlingen finns dessutom 250 tidningsårgångar, av vilka en del har mikrofilmats. Estlands tidningar från 1918–1940 finns också i mikrofilmdatabasen.
Samlingens andra del, Estonica II, omfattar även litteratur som publicerats under Estlands självständighet, och den består av verk som köpts ur kvarlåtenskapen från föreningen Helsingi Eesti Seltsi.
