Käsikirjoituskokoelmassa on yksittäisiä käsikirjoituksia eri aloilta ja ajanjaksoilta n. 1000 signumia (ns. signum-aineisto). Historiallisten, teologisten ja oikeustieteellisten käsikirjoitusten lisäksi aineistoja on laajasti muiltakin aloilta. Käsikirjoituksia on mm. maantieteestä, botaniikasta, mineralogiasta ja lääketieteestä. Kokoelmassa on myös pienkokoelmia, jotka ovat syntyneet tutkijoiden toiminnan tuloksena ja joissain tapauksissa näihin sisältyy myös alkuperäisiä aineistoja. Tutkimusaineistoja sisältyy myös henkilöarkistoihin.
