Musiikkiarkistot sisältyvät käsikirjoituskokoelmaan ja ne käsittävät suomalaisten ja Suomessa toimineiden säveltäjien ja muusikoiden aineistoa: sävellyskäsikirjoituksia, luonnoksia ja myös muuta arkistoaineistoa, kuten kirjeenvaihtoa, päiväkirjoja, muistiinpanoja. Kokoelmassa on myös aineistoa musiikkiyhdistyksiltä ja -kustantajilta sekä musiikintutkijoilta.
Käsikirjoituskokoelmassa on noin 500 Musiikkiarkistoa. Ajallisesti aineistoa on usealta vuosisadalta, mutta painopiste on 1900-luvun taidemusiikissa.
Kokoelman tunnetuimpia arkistonmuodostajia ovat muun muassa Jean Sibelius, Oskar Merikanto, Armas Launis, Fredrik Pacius, Einojuhani Rautavaara, mutta arkistoja on myös yhteisöiltä kuten Sulasolilta, Muntra Musikanterilta ja Musiikki-Fazerilta.
