Käsikirjoituskokoelma sisältää suomalaiseen oppi- ja sivistyshistoriaan liittyviä yksityisarkistoja ja käsikirjoituksia. Henkilöarkistoissa on tutkijoiden, professoreiden sekä taiteen ja kulttuurin alalla toimineiden arkistoja. Taiteen aloista painopiste on musiikissa. Yhteisöjen arkistot käsittävät, sukujen, kartanoiden ja yhdistysten arkistoja. Yksityisarkistoja on kaikkiaan n. 900. Käsikirjoituksia on n.1000 signumia eri aloilta ja ajanjaksoilta. Kokoelma sisältää myös itämaisilla kielillä kirjoitettuja käsikirjoituksia. Kokoelman historia ulottuu Turun akatemian kirjaston kokoelmiin.
